La prima costruzione sullo sperone roccioso che divide il ghiacciaio del Garstelet da quello del Lys risale al 1876.
La struttura attuale fu realizzata nel 1967 ed intitolata a Don Giovanni Gnifetti, parroco di Alagna Valsesia e grande alpinista: fu lui che per primo raggiunse nel 1842, una delle vette più alte del monte Rosa che oggi porta il suo nome e che ospita il rifugio più alto d'Europa, la Capanna Margherita.
Il rifugio è base di partenza per ascensioni alla Piramide Vincent, al Cristo delle Vette, ai Lyskamm, al Corno Nero, alla Ludwishöhe, alla Dufour, alla Parrot, alla Zumstein, alla Nordend ed alla capanna Margherita sulla Punta Gnifetti.
